Ved alle søknader og planer som omhandler natur skal disse vurderes etter Naturmangfoldlovens § 8-12.

I Averøy ble det i 2012 utført nye biologisk mangfoldregistreringer som finnes i
Naturbase fra Miljødirektoratet.
Artsdatabanken har også kart over artsforekomster i Averøy.

I Plan og bygningsloven er det i § 1-8 nedlagt et forbud mot tiltak i 100-metersonen langs sjøen. Formålet med dette er at det skal det tas særlig hensyn til natur- og kulturmiljø, friluftsliv, landskap og andre allmenne interesser. Kommunen er dispensasjonsmyndighet. Kommunen kan i kommuneplanen vedta andre avstandsgrenser til sjø og vassdrag.